MOLECULES 3D

Visualisation de molécules dans l'espace à l'aide du "Plug In Chime" (aide simplifiée)
(cliquez sur la catégorie à gauche pour visualiser une molécule ou sur le lien comparaison pour visualiser 2 molécules en vis à vis)
(pour revenir à cet écran cliquez sur  à partir des molécules)

Quelques molécules simples.  Comparaison de 2 molécules.

Alcanes et alcènes.  Comparaison de 2 molécules.

Alcools, aldéhydes et cétones.  Comparaison de 2 molécules.

Acides carboxyliques et aminés.  Comparaison de 2 molécules.

Esters.  Comparaison de 2 molécules.

Amides et amines.  Comparaison de 2 molécules.

Isomérie : cours et exercices term S

Interface simplifiée pour CHIME     Téléchargement du visualiseur simplifié
Il suffit de taper ou de choisir le nom du ou des fichiers, et de cocher les cases souhaitées, la comparaison de 2 molécules quelconques est possible.

Pour utiliser toutes les fonctions de cette interface, en local  il faut télécharger le fichier compressé (voir_mol.zip 35ko) puis le décompacter sur son disque dur. Il suffit d'ouvrir ensuite voir_mol.htm. Il est possible de visualiser et comparer des molécules quelconques au format .pdb ou .mol, la mesure des distances et des angles est aussi facilitée.

 La création de fichiers .mol est très simple avec le logiciel CHEMSKETCH (voir ci-dessous).

 

Création de molécules :

Il est très facile de créer des molécules au format .MOL (lisible par CHIME), il faut télécharger le logiciel CHEMSKETCH (http://www.acdlabs.com) celui-ci est gratuit pour les utilisation non commerciales. Il est en anglais mais facile d'emploi, il suffit d'exporter la molécule créée au format .MOL. En sauvegardant au format .MOL les doubles liaisons sont visibles avec le Plug-In Chime.

Ce logiciel possède aussi un module de visualisation en 3D mais il ne montre pas les liaisons multiples. Il permet aussi de faire des schémas vectoriels récupérables dans un traitement de texte.

 

 

 

 

 

Aide simplifiée pour le "plug-in Chime" :

  1. Il faut d'abord télécharger le "plug-in" Chime qui permet de visualiser, avec un navigateur de génération 4 ou plus, les molécules dans l'espace. Ensuite il faut installer le logiciel, il suffit pour cela de double-cliquer sur le fichier .EXE. Le programme d'installation va vérifier la version des navigateurs Internet installés sur la machine,  quand l'installation est terminée il est possible de visualiser directement une molécule au format .PDB et .MOL dans le navigateur Internet Explorer 5.

  2. Quelques commandes de Chime :

    Commandes Actions à effectuer :
    menu contextuel clic droit
    rotation autour des axes X Y bouton gauche enfoncé
    rotation autour de l'axe Z maj + bouton droit enfoncé
    zoom maj + bouton gauche enfoncé
    déplacement ctrl + bouton droit enfoncé

    modèles compacts

    clic droit, Display, Spacefill, Van der Waals...

    nuage électronique

    clic droit, Options, Dot surface, Van der Waals...

    rotation autour d'une simple liaison

    clic droit, Sculpt mode